Automatiza el análisis de 10x Genomics Cloud a través de Neotask en Neotask
Lanza y monitorea pipelines de análisis de secuenciación de célula única
Explora, descarga y organiza conjuntos de datos y resultados genómicos
Consulta metadatos de experimentos y comparte hallazgos entre equipos
Lo que puedes hacer
Neotask se conecta a 10x Genomics Cloud a través de Neotask, brindando a los investigadores control conversacional sobre sus flujos de trabajo de genómica unicelular y espacial, sin necesidad de navegar por paneles de control complejos.
Gestión de pipelines
Lanza pipelines de análisis - Activa flujos de trabajo de Cell Ranger, Space Ranger o Loupe Browser describiendo los parámetros de tu experimento en lenguaje natural
Monitorea el estado de ejecución - Verifica qué pipelines están en ejecución, en cola o completados y detecta errores sin iniciar sesión en la consola en la nube
Recupera resultados - Obtén salidas de análisis, métricas de control de calidad e informes resumidos de ejecuciones completadas
Vuelve a ejecutar trabajos fallidos - Identifica pasos de pipeline fallidos y reenvíalos con parámetros corregidos
Operaciones con conjuntos de datos
Explora conjuntos de datos - Lista todos los conjuntos de datos en tu espacio de trabajo filtrados por proyecto, tipo de muestra o fecha
Descarga salidas - Obtén archivos de resultados específicos como matrices filtradas de características-códigos de barras o salidas de imágenes de tejido
Organiza proyectos - Crea carpetas de proyecto, mueve conjuntos de datos y mantén convenciones de nomenclatura consistentes a escala
Compara experimentos - Extrae metadatos de múltiples ejecuciones para comparar recuentos celulares, profundidad de secuenciación y métricas de calidad lado a lado
Colaboración e informes
Comparte conjuntos de datos - Genera enlaces para compartir o agrega colaboradores a proyectos específicos
Exporta resúmenes - Extrae resúmenes de experimentos en formatos estructurados para informes o herramientas de análisis posteriores
Rastrea el linaje de muestras - Consulta qué muestras provienen de qué bibliotecas fuente y qué versiones de análisis se utilizaron
Prueba preguntando
"Muéstrame todas las ejecuciones completadas de Cell Ranger de este mes"
"¿Cuál es el recuento celular y la mediana de genes por célula de mi última ejecución de scRNA-seq?"
"Descarga la matriz filtrada de características-códigos de barras para la muestra SRS_001"
"Vuelve a ejecutar el pipeline para el ID de muestra xyz con la versión de química 3"
"Lista todos los conjuntos de datos en el proyecto Microambiente Tumoral"
"¿Cuáles de mis ejecuciones recientes fallaron el control de calidad y cuál fue la razón?"
"Compara la saturación de secuenciación en mis últimas 5 ejecuciones"
"Agrega a mi colega [email] como colaborador en el proyecto de Transcriptómica Espacial"
Consejos profesionales
Neotask en Neotask puede cruzar referencias de resultados de 10x Genomics Cloud con tu cuaderno de laboratorio o herramientas de análisis posteriores - pídele que resuma una ejecución y agregue automáticamente una nota a tu Notion o Google Doc
Para grandes cohortes de experimentos, solicita resúmenes por lotes en lugar de consultar ejecución por ejecución - "dame una tabla de todas las ejecuciones de este trimestre con recuento celular y tasa de mapeo"
Combina con integraciones de cómputo a través de Neotask: activa un pipeline de 10x, monitoréalo y notifica a tu canal de Slack cuando termine
Usa consultas estructuradas para aplicar umbrales de control de calidad: "muéstrame todas las muestras donde la saturación de secuenciación sea inferior al 50%" detecta ejecuciones problemáticas antes de que comience el análisis posterior
Multiple workspaces and capacity for larger teams.
Works Well With
Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...
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