Neotask पर Neotask के माध्यम से 10x Genomics Cloud विश्लेषण को स्वचालित करें
सिंगल-सेल सीक्वेंसिंग विश्लेषण पाइपलाइनों को लॉन्च और मॉनिटर करें
जीनोमिक्स डेटासेट और परिणामों को ब्राउज़, डाउनलोड और व्यवस्थित करें
प्रयोग मेटाडेटा की क्वेरी करें और टीमों में निष्कर्ष साझा करें
आप क्या कर सकते हैं
Neotask Neotask के माध्यम से 10x Genomics Cloud से जुड़ता है, जो शोधकर्ताओं को उनके सिंगल-सेल और स्थानिक जीनोमिक्स वर्कफ़्लो पर संवादात्मक नियंत्रण प्रदान करता है - जटिल डैशबोर्ड नेविगेट किए बिना।
पाइपलाइन प्रबंधन
विश्लेषण पाइपलाइन लॉन्च करें - सरल अंग्रेज़ी में अपने प्रयोग पैरामीटर का वर्णन करके Cell Ranger, Space Ranger, या Loupe Browser वर्कफ़्लो ट्रिगर करें
रन स्थिति मॉनिटर करें - जांचें कि कौन सी पाइपलाइन चल रही हैं, कतार में हैं, या पूरी हो गई हैं और क्लाउड कंसोल में लॉग इन किए बिना किसी भी त्रुटि को सामने लाएं
परिणाम प्राप्त करें - पूर्ण किए गए रन के लिए विश्लेषण आउटपुट, QC मेट्रिक्स और सारांश रिपोर्ट प्राप्त करें
विफल जॉब्स को दोबारा चलाएं - विफल पाइपलाइन चरणों की पहचान करें और सही पैरामीटर के साथ दोबारा सबमिट करें
डेटासेट संचालन
डेटासेट ब्राउज़ करें - प्रोजेक्ट, नमूना प्रकार, या तिथि के अनुसार फ़िल्टर करके अपने कार्यक्षेत्र में सभी डेटासेट सूचीबद्ध करें
आउटपुट डाउनलोड करें - विशिष्ट परिणाम फ़ाइलें जैसे फ़िल्टर किए गए फ़ीचर-बारकोड मैट्रिक्स या टिश्यू इमेज आउटपुट प्राप्त करें
प्रोजेक्ट व्यवस्थित करें - प्रोजेक्ट फ़ोल्डर बनाएं, डेटासेट स्थानांतरित करें, और बड़े पैमाने पर सुसंगत नामकरण परंपराएं बनाए रखें
प्रयोगों की तुलना करें - सेल काउंट, सीक्वेंसिंग गहराई और गुणवत्ता मेट्रिक्स की साथ-साथ तुलना करने के लिए कई रन में मेटाडेटा प्राप्त करें
सहयोग और रिपोर्टिंग
डेटासेट साझा करें - शेयरिंग लिंक जेनरेट करें या विशिष्ट प्रोजेक्ट में सहयोगियों को जोड़ें
सारांश निर्यात करें - रिपोर्ट या डाउनस्ट्रीम विश्लेषण उपकरणों के लिए संरचित प्रारूपों में प्रयोग सारांश प्राप्त करें
नमूना वंशावली ट्रैक करें - क्वेरी करें कि कौन से नमूने किन स्रोत लाइब्रेरी से आए और कौन से विश्लेषण संस्करण उपयोग किए गए
पूछकर देखें
"मुझे इस महीने के सभी पूर्ण Cell Ranger रन दिखाओ"
"मेरे पिछले scRNA-seq रन के लिए सेल काउंट और प्रति सेल मीडियन जीन क्या है?"
"नमूना SRS_001 के लिए फ़िल्टर किया गया फ़ीचर-बारकोड मैट्रिक्स डाउनलोड करो"
"केमिस्ट्री संस्करण 3 के साथ नमूना ID xyz के लिए पाइपलाइन दोबारा चलाओ"
"Tumor Microenvironment प्रोजेक्ट में सभी डेटासेट सूचीबद्ध करो"
"मेरे हाल के कौन से रन QC में विफल हुए और कारण क्या था?"
"मेरे पिछले 5 रन में सीक्वेंसिंग सैचुरेशन की तुलना करो"
"मेरे सहकर्मी [email] को Spatial Transcriptomics प्रोजेक्ट पर सहयोगी के रूप में जोड़ो"
प्रो टिप्स
Neotask पर Neotask 10x Genomics Cloud परिणामों को आपकी लैब नोटबुक या डाउनस्ट्रीम विश्लेषण उपकरणों के साथ क्रॉस-रेफरेंस कर सकता है - इससे कहें कि एक रन का सारांश बनाए और स्वचालित रूप से आपके Notion या Google Doc में एक नोट जोड़े
बड़े प्रयोग समूहों के लिए, एक-एक करके रन क्वेरी करने के बजाय बैच सारांश मांगें - "इस तिमाही के सभी रन की सेल काउंट और मैपिंग रेट के साथ एक तालिका दो"
Neotask के माध्यम से कंप्यूट इंटीग्रेशन के साथ जोड़ें: एक 10x पाइपलाइन ट्रिगर करें, इसे मॉनिटर करें, और पूरा होने पर अपने Slack चैनल को सूचित करें
QC थ्रेशोल्ड लागू करने के लिए संरचित क्वेरी का उपयोग करें: "मुझे वे सभी नमूने दिखाओ जहां सीक्वेंसिंग सैचुरेशन 50% से कम है" डाउनस्ट्रीम विश्लेषण शुरू होने से पहले समस्याग्रस्त रन को सामने लाता है
Multiple workspaces and capacity for larger teams.
Works Well With
Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...
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