Automatiseer 10x Genomics Cloud-analyse via Neotask op Neotask
Start en monitor analyse-pipelines voor single-cell sequencing
Blader door, download en organiseer genomics-datasets en resultaten
Bevraag experimentmetadata en deel bevindingen met teams
Wat je kunt doen
Neotask maakt verbinding met 10x Genomics Cloud en geeft onderzoekers conversationele controle over hun single-cell en ruimtelijke genomics-workflows - zonder door complexe dashboards te hoeven navigeren.
Pipelinebeheer
Start analyse-pipelines - Activeer Cell Ranger-, Space Ranger- of Loupe Browser-workflows door je experimentparameters in gewoon Nederlands te beschrijven
Monitor de uitvoeringsstatus - Controleer welke pipelines actief, in de wachtrij of voltooid zijn en breng eventuele fouten aan het licht zonder in te loggen op de cloudconsole
Haal resultaten op - Verzamel analyse-uitvoer, QC-metrics en samenvattingsrapporten voor voltooide runs
Herstart mislukte taken - Identificeer mislukte pipelinestappen en dien ze opnieuw in met gecorrigeerde parameters
Datasetbewerkingen
Blader door datasets - Toon alle datasets in je werkruimte gefilterd op project, monstertype of datum
Download uitvoer - Haal specifieke resultaatbestanden op zoals gefilterde feature-barcodematrices of weefselbeelduitvoer
Organiseer projecten - Maak projectmappen aan, verplaats datasets en onderhoud consistente naamgevingsconventies op schaal
Vergelijk experimenten - Haal metadata op van meerdere runs om celaantallen, sequencingdiepte en kwaliteitsmetrics naast elkaar te vergelijken
Samenwerking & Rapportage
Deel datasets - Genereer deellinks of voeg medewerkers toe aan specifieke projecten
Exporteer samenvattingen - Haal experimentsomenvattingen op in gestructureerde formaten voor rapporten of downstream analysetools
Volg monsterherkomst - Bevraag welke monsters afkomstig zijn van welke bronbibliotheken en welke analyseversies zijn gebruikt
Probeer te vragen
"Toon me alle voltooide Cell Ranger-runs van deze maand"
"Wat is het celaantal en de mediaan genen per cel voor mijn laatste scRNA-seq-run?"
"Download de gefilterde feature-barcodematrix voor monster SRS_001"
"Herstart de pipeline voor monster-ID xyz met chemieversie 3"
"Toon alle datasets in het Tumor Micro-omgevingsproject"
"Welke van mijn recente runs zijn gezakt voor QC en wat was de reden?"
"Vergelijk de sequencingverzadiging over mijn laatste 5 runs"
"Voeg mijn collega [e-mail] toe als medewerker aan het Ruimtelijke Transcriptomics-project"
Professionele tips
Neotask op Neotask kan 10x Genomics Cloud-resultaten kruisverwijzen met je labnotebook of downstream analysetools - vraag het om een run samen te vatten en automatisch een notitie toe te voegen aan je Notion of Google Doc
Voor grote experimentcohorten, vraag om batchsamenvattingen in plaats van run voor run te bevragen - "geef me een tabel van alle runs dit kwartaal met celaantal en mappingpercentage"
Combineer met compute-integraties via Neotask: start een 10x-pipeline, monitor deze en stuur een melding naar je Slack-kanaal wanneer deze klaar is
Gebruik gestructureerde queries om QC-drempels af te dwingen: "toon me alle monsters waar de sequencingverzadiging onder de 50% ligt" brengt problematische runs aan het licht voordat downstream analyse begint
Multiple workspaces and capacity for larger teams.
Works Well With
Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...
Meer Educatie-integraties
italki language learning - Browse language teachers and book one-on-one or group lessons across more than 150 languages based on your schedule, level, and budget.
Coursera - Zoek, schrijf u in en volg uw leerproces op Coursera via conversatie - Neotask gebruikt Neotask om professionele ontwikkeling moeiteloos te maken.
Udemy - Vind, evalueer en volg Udemy-cursussen via natuurlijke conversatie - Neotask en Neotask maken het navigeren van de grootste cursusmarktplaats ter wereld eenvoudig.
ZZAIM - ZZAIM is aimed squarely at teachers working from Korea's official K-12 curriculum standards: it lets you search those standards by subject…
Duolingo - Volg uw Duolingo-voortgang, beheer leerreeksen en plan taalstudiedoelen - Neotask gebruikt Neotask om taalleren conversationeel te maken.
Google Classroom - Neotask automatiseert Google Classroom-beheer -- Neotask beheert cursussen, opdrachten en beoordelingen zodat docenten minder tijd kwijt zijn aan bijwerk en meer tijd hebben voor lesgeven.