Automatize a análise do 10x Genomics Cloud através do Neotask no Neotask
Inicie e monitore pipelines de análise de sequenciamento de célula única
Navegue, baixe e organize conjuntos de dados e resultados genômicos
Consulte metadados de experimentos e compartilhe descobertas entre equipes
O Que Você Pode Fazer
O Neotask se conecta ao 10x Genomics Cloud através do Neotask, dando aos pesquisadores controle conversacional sobre seus fluxos de trabalho de genômica espacial e de célula única - sem navegar por painéis complexos.
Gerenciamento de Pipelines
Inicie pipelines de análise - Acione fluxos de trabalho do Cell Ranger, Space Ranger ou Loupe Browser descrevendo os parâmetros do seu experimento em linguagem simples
Monitore o status das execuções - Verifique quais pipelines estão em execução, na fila ou concluídos e identifique erros sem precisar acessar o console na nuvem
Recupere resultados - Obtenha saídas de análises, métricas de CQ e relatórios resumidos de execuções concluídas
Reexecute trabalhos com falha - Identifique etapas de pipeline que falharam e reenvie com parâmetros corrigidos
Operações com Conjuntos de Dados
Navegue pelos conjuntos de dados - Liste todos os conjuntos de dados no seu espaço de trabalho filtrados por projeto, tipo de amostra ou data
Baixe saídas - Obtenha arquivos de resultados específicos, como matrizes filtradas de características-código de barras ou saídas de imagens de tecidos
Organize projetos - Crie pastas de projeto, mova conjuntos de dados e mantenha convenções de nomenclatura consistentes em escala
Compare experimentos - Extraia metadados de múltiplas execuções para comparar contagens de células, profundidade de sequenciamento e métricas de qualidade lado a lado
Colaboração e Relatórios
Compartilhe conjuntos de dados - Gere links de compartilhamento ou adicione colaboradores a projetos específicos
Exporte resumos - Obtenha resumos de experimentos em formatos estruturados para relatórios ou ferramentas de análise downstream
Rastreie a linhagem das amostras - Consulte quais amostras vieram de quais bibliotecas de origem e quais versões de análise foram usadas
Experimente Perguntar
"Mostre todas as execuções concluídas do Cell Ranger deste mês"
"Qual é a contagem de células e a mediana de genes por célula da minha última execução de scRNA-seq?"
"Baixe a matriz filtrada de características-código de barras para a amostra SRS_001"
"Reexecute o pipeline para o ID de amostra xyz com a versão 3 de química"
"Liste todos os conjuntos de dados no projeto Microambiente Tumoral"
"Quais das minhas execuções recentes falharam no CQ e qual foi o motivo?"
"Compare a saturação de sequenciamento nas minhas últimas 5 execuções"
"Adicione meu colega [email] como colaborador no projeto de Transcriptômica Espacial"
Dicas Profissionais
O Neotask no Neotask pode cruzar resultados do 10x Genomics Cloud com seu caderno de laboratório ou ferramentas de análise downstream - peça para ele resumir uma execução e adicionar uma nota ao seu Notion ou Google Doc automaticamente
Para grandes coortes de experimentos, peça resumos em lote em vez de consultar execução por execução - "me dê uma tabela de todas as execuções deste trimestre com contagem de células e taxa de mapeamento"
Combine com integrações de computação através do Neotask: acione um pipeline 10x, monitore-o e notifique seu canal do Slack quando estiver concluído
Use consultas estruturadas para aplicar limites de CQ: "mostre todas as amostras onde a saturação de sequenciamento está abaixo de 50%" identifica execuções problemáticas antes de iniciar a análise downstream
Multiple workspaces and capacity for larger teams.
Works Well With
Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...
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