10x Genomics Cloud

การศึกษา

ทำให้การวิเคราะห์ 10x Genomics Cloud เป็นอัตโนมัติผ่าน Neotask บน Neotask

• เปิดใช้งานและติดตามไปป์ไลน์การวิเคราะห์การจัดลำดับเซลล์เดี่ยว
• เรียกดู ดาวน์โหลด และจัดระเบียบชุดข้อมูลและผลลัพธ์ด้านจีโนมิกส์
• สอบถามข้อมูลเมตาดาต้าของการทดลองและแชร์ผลการค้นพบข้ามทีม

สิ่งที่คุณทำได้

Neotask เชื่อมต่อกับ 10x Genomics Cloud ผ่าน Neotask ทำให้นักวิจัยสามารถควบคุมเวิร์กโฟลว์จีโนมิกส์เซลล์เดี่ยวและเชิงพื้นที่ผ่านการสนทนา - โดยไม่ต้องนำทางแดชบอร์ดที่ซับซ้อน

การจัดการไปป์ไลน์

• เปิดใช้งานไปป์ไลน์การวิเคราะห์ - เรียกใช้เวิร์กโฟลว์ Cell Ranger, Space Ranger หรือ Loupe Browser โดยอธิบายพารามิเตอร์การทดลองของคุณเป็นภาษาง่ายๆ
• ติดตามสถานะการทำงาน - ตรวจสอบว่าไปป์ไลน์ใดกำลังทำงาน อยู่ในคิว หรือเสร็จสมบูรณ์ และแสดงข้อผิดพลาดใดๆ โดยไม่ต้องเข้าสู่ระบบคอนโซลคลาวด์
• ดึงผลลัพธ์ - ดึงเอาต์พุตการวิเคราะห์ เมตริก QC และรายงานสรุปสำหรับการรันที่เสร็จสมบูรณ์
• รันงานที่ล้มเหลวอีกครั้ง - ระบุขั้นตอนไปป์ไลน์ที่ล้มเหลวและส่งใหม่พร้อมพารามิเตอร์ที่แก้ไขแล้ว

การดำเนินการชุดข้อมูล

• เรียกดูชุดข้อมูล - แสดงรายการชุดข้อมูลทั้งหมดในพื้นที่ทำงานของคุณ กรองตามโปรเจกต์ ประเภทตัวอย่าง หรือวันที่
• ดาวน์โหลดเอาต์พุต - ดึงไฟล์ผลลัพธ์เฉพาะ เช่น เมทริกซ์ feature-barcode ที่กรองแล้ว หรือเอาต์พุตภาพเนื้อเยื่อ
• จัดระเบียบโปรเจกต์ - สร้างโฟลเดอร์โปรเจกต์ ย้ายชุดข้อมูล และรักษาหลักการตั้งชื่อที่สอดคล้องกันในวงกว้าง
• เปรียบเทียบการทดลอง - ดึงข้อมูลเมตาดาต้าจากหลายการรันเพื่อเปรียบเทียบจำนวนเซลล์ ความลึกของการจัดลำดับ และเมตริกคุณภาพแบบเคียงข้างกัน

การทำงานร่วมกันและการรายงาน

• แชร์ชุดข้อมูล - สร้างลิงก์แชร์หรือเพิ่มผู้ร่วมงานในโปรเจกต์เฉพาะ
• ส่งออกสรุป - ดึงสรุปการทดลองในรูปแบบที่มีโครงสร้างสำหรับรายงานหรือเครื่องมือวิเคราะห์ขั้นถัดไป
• ติดตามสายพันธุ์ตัวอย่าง - สอบถามว่าตัวอย่างใดมาจากไลบรารีต้นทางใดและใช้เวอร์ชันการวิเคราะห์ใด

ลองถามดู

• "แสดงการรัน Cell Ranger ที่เสร็จสมบูรณ์ทั้งหมดจากเดือนนี้"
• "จำนวนเซลล์และค่ามัธยฐานยีนต่อเซลล์ของการรัน scRNA-seq ล่าสุดของฉันเป็นเท่าไร?"
• "ดาวน์โหลดเมทริกซ์ feature-barcode ที่กรองแล้วสำหรับตัวอย่าง SRS_001"
• "รันไปป์ไลน์ใหม่สำหรับตัวอย่าง ID xyz ด้วยเคมีเวอร์ชัน 3"
• "แสดงรายการชุดข้อมูลทั้งหมดในโปรเจกต์ Tumor Microenvironment"
• "การรันล่าสุดของฉันรายการใดไม่ผ่าน QC และเหตุผลคืออะไร?"
• "เปรียบเทียบ sequencing saturation ของ 5 การรันล่าสุดของฉัน"
• "เพิ่มเพื่อนร่วมงานของฉัน [อีเมล] เป็นผู้ร่วมงานในโปรเจกต์ Spatial Transcriptomics"

เคล็ดลับมือโปร

• Neotask บน Neotask สามารถเปรียบเทียบผลลัพธ์ 10x Genomics Cloud กับสมุดบันทึกห้องปฏิบัติการหรือเครื่องมือวิเคราะห์ขั้นถัดไปของคุณ - ขอให้สรุปการรันและเพิ่มบันทึกลงใน Notion หรือ Google Doc ของคุณโดยอัตโนมัติ
• สำหรับกลุ่มการทดลองขนาดใหญ่ ขอสรุปแบบเป็นชุดแทนที่จะสอบถามทีละการรัน - "ให้ตารางการรันทั้งหมดในไตรมาสนี้พร้อมจำนวนเซลล์และอัตราการแมป"
• รวมกับการเชื่อมต่อระบบคอมพิวท์ผ่าน Neotask: เรียกใช้ไปป์ไลน์ 10x ติดตามมัน และแจ้งเตือนช่อง Slack ของคุณเมื่อเสร็จสิ้น
• ใช้การสอบถามแบบมีโครงสร้างเพื่อบังคับเกณฑ์ QC: "แสดงตัวอย่างทั้งหมดที่ sequencing saturation ต่ำกว่า 50%" จะแสดงการรันที่มีปัญหาก่อนเริ่มการวิเคราะห์ขั้นถัดไป

Plans

Works Well With

• Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...

การผสานรวม การศึกษา เพิ่มเติม

• italki language learning - Browse language teachers and book one-on-one or group lessons across more than 150 languages based on your schedule, level, and budget.
• Coursera - ค้นหา ลงทะเบียน และติดตามความคืบหน้า Coursera ผ่านการสนทนา
• Udemy - ค้นหา เข้าถึง ติดตามหลักสูตร Udemy ผ่านการสนทนา
• ZZAIM - ZZAIM is aimed squarely at teachers working from Korea's official K-12 curriculum standards: it lets you search those standards by subject…
• Duolingo - ติดตามความคืบหน้าการศึกษาและสวนแนน Duolingo ผ่านการสนทนา
• Google Classroom - Neotask ช่วยบริหาร Google Classroom อัตโนมัติ - Neotask จัดการหลักสูตร งานมอบหมาย และการให้คะแนนเพื่อให้ครูใช้เวลาน้อยลงกับงานเอกสารและมากขึ้นกับการสอน

Explore: Skills · Glossary · Solutions · Use cases · Examples · Comparisons · Templates · Blog · Docs